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盛夏祭结束之后，学园都市又恢复到了以往的平静，享受暑假生活的人继续享受着，在暑假补习班中奋斗的人依旧在奋斗者。不幸的上条当麻在桃花体质的加持下，在霉运与美色中仍旧沉沦着。
而御坂美琴和她的朋友们，也在一场场事件中不断加深着友谊，体味着青春的味道与战斗的美妙。
直到一位拎着军用防风镜，有着一头茶色短发的少女在御坂美琴面前的出现。
御坂美琴那平静的内心，掀起了滔天的波澜！
军用克隆体，御坂9982号！
亚雷斯塔针对御坂网络散播至全球而准备的计划早已被他废止，但这不表示‘绝对能力者进化计划’便被永久性冻结。
说到底，亚雷斯塔不过是整个事件的幕后黑手与推动者，并没有实质性的参与到整个计划之中。而在进行‘绝对能力者进化计划’的木原幻生等人的眼中，他们便是计划的一切，是这个计划的最终获益者。因此就算亚雷斯塔下令让他们停止这个计划，他们都不一定会真的执行！
亚雷斯塔也没这么做，他只是从整个计划中抽身而出，并消去了他在计划中存在的痕迹，而后便没有了动作。
这也使得御坂美琴与御坂9982不期而遇，并在随后得知了‘量产型能力者计划’与从它的基础上诞生的‘绝对能力者进化计划’！
“一切杀戮的起源，都源自我在樋口制药献出的dna图谱，到头来，错的还是我！”
明亮的路灯下，街道旁一间电话亭中，御坂美琴看着屏幕上那不含任何感情的字眼，大脑却是一阵阵的眩晕！
她清楚的感受到，在那些文字的下面，掩盖着近一万名少女的尸体，她们用没有丝毫神采的瞳孔绝望且无助的看着她，用冰冷的目光一遍遍谴责着她！
那是她的复制人，也是她的妹妹们！
“品雨大学附属dna地图解析研究所、磁气异常研究所、西学医疗研究所、生化医学研究细胞研究所、动研思考能力研究所……竟然有超过二十多所研究设施在参与此项实验，在你们眼中，利益难道就真的比生命更重要吗？好吧，我明白了，计划必须终止，为此哪怕双手要沾染上你们的鲜血，我也在所不惜！”
御坂美琴目光冰冷的盯着屏幕上关于参与‘绝对能力者计划’的研究设施的名称，这一刻的她已不再是那个带着孩子气，贯彻着正义与善良的少女，而是一只被怒火和自责吞噬了理智的野兽。
此时此刻御坂美琴的状态若用一个词来形容的话，那就是——黑化！
确定了研究设施的位置，黑化版御坂美琴施展能力，把身体化为一个磁铁，吸附在含有钢筋结构的墙壁上，以飞檐走壁的方式向着研究设施的方向疾驰而去，不久之后，便来到了第一个目标——品雨大学附属dna地图解析研究所之前！
紧接着，便是一道耀眼的雷光！
十亿伏特电流顺着一切能导电的物质在大楼内肆虐而过，一台台电脑被摧毁，一个个与电有关的仪器宣告寿命终结。而后，因承载不足强大能量而爆炸的导电体化作炙热的能量流摧毁了附近的一切，桌椅、玻璃、地板……乃至墙壁！
刹那间，爆炸声从大楼的第一层绵延至最后一层，刺耳的警报声中，一道黑色烟柱出现在学园都市的夜空之下，被周围建筑物的灯光反射出一种不祥的颜色！
这一夜，学园都市中有六座建筑遭到了袭击。风纪委员闻讯而至，却被告知是大楼自身原因。虽明眼人都看得出来这是人为事件，但因当事人不予追究，最终不了了之。
而奔波了一夜的御坂美则拖着疲惫的身躯回到了宿舍，表面上摆出一副若无其事的样子。白井黑子虽察觉到一丝异常，但见御坂没有与她商量的意思，也就没有过多追问。
就这样，日子一天天的过去，袭击事件也在每天夜里持续发生着。御坂一次次的早出晚归让白井心中的不安越来越重，她已经把‘姐姐大人每天清晨才回来’与‘袭击事件每晚都在发生’隐约联系在了一起。
终于，在八月十九日这天到来之际，压抑不住内心不安的白井瞒着姐姐大人，来到了佐天泪子的宿舍。
“我需要你的帮助！”
刚一见面，还未进门，白井便说出了自己的请求。
“白井同学，你怎么了？”
佐天疑惑的眨着眼，白井是个轻易不求人的类型，在她的印象中，像现在这般在人面前弯腰祈求，这还是第一次！
白井也不进门，站在门口便开始从头解释起了原因：“姐姐大人有些异常……不，不是有些，从八月十五号那天起，姐姐大人便像换了一个人似的！虽然照常上着补习班，照常吃着爱吃的食物，但我感觉得到，姐姐大人的精神好像已经到了某种崩溃的边缘！我怕再这样下去，姐姐大人会承受不住，发生我们不期望发生的事情！”
“御坂同学的异常吗？”
佐天低头沉思道：“其实最近几天我也感觉到了御坂同学的不对劲，但是却不知道是什么原因导致御坂同学变成这样的。白井同学，你是御坂同学的室友，应该知道一些原因吧？”
听到佐天的话，白井像是回忆到了什么不好的事情，脸色有些发白：“姐姐大人从来没向我提过此事，不过有一个猜想，在我脑海中挥之不去。那个猜想若是真的话，便是我最不想见到的，也是最可怕的一幕！”
佐天的脸色也变的严肃起来：“看来事情真的很棘手啊，不然你也不会来找我了！那个猜想，想必在你心中已有有了答案了吧……说吧，要我做什么？”
“跟踪姐姐大人！”
……
在四天内连续使用能力，并且休息的时间几乎没有，就算是超能力者也吃不消。在第五个夜晚来临之际，透过宾馆楼顶微弱的月光，帽檐下御坂美琴那憔悴的脸色隐约可见。
“不过，这一切都是值得的。只要在解决掉这两所研究设施，绝对能力者的计划便会瓦解，剩下那一万人的性命，也会因此得救！”
压低了帽檐，自言自语中的御坂美琴在回头看了眼宿舍的方向后，目光在瞬间变得冰冷下来。而后从楼顶一跃而下，借着电气转化的磁力牵引，向着仅剩的两座研究设施之一的水穗机构病理解析研究所滑翔而去。
在她身后，佐天的身影一闪而过。
而此时的水穗机构病理研究所中，布置完炸药的芙兰达·赛维伦正躺在堆积的如同小山般的人偶炸弹上，一边打着滚，一边幻想着如果那个入侵者选择自己把守的这座设施的话，得来的报酬应该怎么花才最好，丝毫不知道等会她将要面对的，是一个多么强大的敌人！
而在那个敌人不远处，还尾随着另一个她难以战胜的敌人！
半小时之后，水穗机构病理研究所附近发电风车逆行转动，一阵电光缭绕中，御坂美琴从天而降！
不久之后，天空中一对白色羽翼化成花雨，在纷飞的花雨落下后，隐没在其中的佐天的身影缓缓出现。环顾四周，没有发现什么异常，也进入了研究所的内部。
进入研究所，首先映入眼帘的是一段长长的通道。通道周围空空荡荡的，原本放置着物体的地方，此时只留有物体存在的痕迹，再加上通道内壁蔓延到内部的黄色线条，让人有一种进入陷阱之中的感觉。
看着眼前的景象，佐天不由皱了皱眉头，心中暗道：“本应灯火通明此时却没有一个人存在的研究设施，空气中残留着的微不可查的火药气味，明显新画下的不知什么用处的黄色线条。御坂同学，对我们，你到底隐藏着什么？”
“轰~”
就在此时，通道尽头爆炸声传来，打断了佐天的思绪。
“火药，爆炸，发电能力者与另外一人的aim波动，这是战斗的味道！御坂同学难道在和谁交战？”
一边猜测着发生了什么，一边警惕着周围的环境，佐天向着声音传来的方向迅速赶去，很快便来到了一处地下设施中。
爆炸的火光伴随着浓烟与热浪，电光霹雳霹雳作响，钢铁摩擦着地面的音调在空旷的空间内回荡，加上时不时一闪而过的火线，这便是在走出通道后，呈现在佐天眼前的景象！
“嘛，真是危险又热闹的一幕啊！不过……御坂同学，你的力量连这种程度的敌人都应付不了了吗？还是说，你在观察着什么？”
眼见御坂处于不利局面，佐天却并没有出手相助的打算，而是躲在暗处，一边观察着事态的发展，一边寻找着与御坂战斗的敌人。
作为御坂仅有的几名好友之一，佐天深知御坂的实力远非此刻表现的那么孱弱。相较于此，还是寻找隐藏在暗处的敌人，继而掌控主动权更好一些。
而很快的，她便从一根承重柱后面找到了敌人的存在——一位有着雪白肌肤，身形苗条且娇小的金发少女！
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